1877年，左宗棠收复南疆，俘虏阿古柏残部数千人。左宗棠下令“降者亦杀”。消息传出，朝中震动，反对者甚多，左宗棠不为所动，说：“我不能用几十万百姓的命去赌他们悔不悔改。” 故事的序幕要从1865年拉开，这一年，中亚浩罕汗国的将领阿古柏率领一群亡命之徒入侵南疆。 阿古柏带着部队一路烧杀抢掠，先后占领了喀什噶尔、英吉沙、叶尔羌等重镇。 1867 年，阿古柏索性自立为王，建立了所谓的 “哲德沙尔汗国”（七城汗国）。 阿古柏在各地设立 “米尔扎”（总督）和 “阿奇木伯克”（行政长官），进行残暴的统治。 据英国探险家沙敖在《喀什噶尔访问记》中记载，阿古柏的军队每占领一座城池，都会进行三天的无差别屠杀，男性青壮年或被屠戮或被强征入伍，妇女儿童则被当作奴隶贩卖。 就在阿古柏在南疆肆虐的同时，清朝的朝堂上正进行着一场激烈辩论。 1874年，日本入侵台湾，引发海防危机。李鸿章等人主张放弃新疆，将西征军费用于建设海军。 这个言论立刻遭到了时任陕甘总督左宗棠的强烈反对，这场 “海防” 与 “塞防” 的争论持续了数月之久。左宗棠据理力争，指出新疆是西北的屏障，一旦丢失，将是无可挽回的损失。 左宗棠主动请缨率军西征，最终，慈禧太后采纳了左宗棠的意见，任命他为钦差大臣，督办新疆军务，全权负责收复新疆事宜。 为了筹备西征，左宗棠做了周密的准备。他首先整顿军队，裁汰老弱病残，组建了一支六万人的精锐之师。 在装备上，左宗棠设立了西安机器局和兰州制造局，仿制西洋枪炮。 左宗棠提出 “缓进急战” 的策略，用两年时间筹集了四千万斤粮食，通过 “官运” 和 “商运” 结合的方式，沿着河西走廊建立了二十多个粮站，确保大军的后勤供应。 1876年4月，左宗棠率领大军从兰州出发，他让士兵抬着一口棺材随行，以示 “不破楼兰终不还” 的决心。 这位年近古稀的老将，骑着战马走在队伍前列，目光坚定地望向西北方向的万里黄沙。 大军进入新疆后，左宗棠采取了 “先北后南，缓进急战” 的战略方针，决定先收复北疆，再进军南疆。 8月，清军向古牧地发起进攻。阿古柏派亲信率军死守，清军将领刘锦棠采用 “声东击西” 之计，佯装从正面进攻，实则派精兵偷袭敌军后路，最终攻克古牧地，歼敌六千余人。 这是清军进入新疆后的首场大胜，极大地鼓舞了士气。 攻克古牧地后，清军乘胜追击，直逼乌鲁木齐。驻守乌鲁木齐的阿古柏军队听闻古牧地惨败，早已人心惶惶。 刘锦棠率军兵临城下，只用了不到一天时间就收复了这座北疆重镇。 随后，清军又相继收复了玛纳斯等城，到1876年底，北疆大部分地区已收复。 在收复的地区，左宗棠立即采取措施安抚百姓，发放粮食和种子，鼓励流亡民众返乡耕作。他还下令修复被战火毁坏的水利设施，推广耕作技术，让遭受战乱的北疆迅速恢复了生机。 1877年初，左宗棠指挥清军兵分三路，向南疆进军。阿古柏在达坂城、吐鲁番、托克逊三地布下重兵，构成所谓的 “三角防御体系”，妄图阻挡清军南下。 3月，刘锦棠率领主力进攻达坂城。清军使用开花炮轰击城墙，很快打开缺口，经过激战攻克达坂城。 随后，清军分兵进攻吐鲁番和托克逊，均取得胜利，阿古柏的 “三角防御体系” 彻底崩溃。 接连的失败让阿古柏众叛亲离。5月，在库尔勒的阿古柏突然暴毙，关于他的死因众说纷纭，有的说是被部下毒死，有的说是绝望自杀。 阿古柏死后，他的儿子们为争夺继承权爆发内讧，整个 “哲德沙尔汗国” 陷入混乱。 左宗棠抓住这个有利时机，命令清军乘胜南进。刘锦棠率领大军从托克逊出发，穿越塔克拉玛干沙漠边缘的戈壁地带，先后收复库尔勒、库车、阿克苏等地。 清军所到之处，受到各族民众的热烈欢迎，许多百姓自发为清军带路、送粮。 10月，清军逼近喀什噶尔，这里是阿古柏集团的老巢，也是其残部最后的据点。驻守喀什噶尔的阿古柏残部负隅顽抗，但在清军的强大攻势下，很快溃不成军。 来不及逃走的数千残兵走投无路，只得向清军缴械投降。 面对投降的阿古柏残兵，清军将领们意见不一，大部分主张 “宽大为怀”，将俘虏遣散回籍。 消息传到左宗棠的大营，这位老帅陷入了沉思。 左宗棠深知，这些残兵大多是阿古柏的追随者，他们在南疆作恶多端，双手沾满了无辜民众的鲜血。在之前的作战中，阿古柏的部队多次上演 诈降”的把戏，往往在清军放松警惕后发动叛乱。 之前清军收复乌鲁木齐后，曾收编了一批投降的叛军，结果这些人趁清军南下之机再次叛乱，杀害了负责留守的清军将领，给清军造成了重大损失。 最终，左宗棠下达了 “降者亦杀” 的命令。消息传到北京，立刻引起轩然大波，御史们纷纷上奏弹劾左宗棠，指责他 “罔顾人命”“草菅降卒”。 面对朝野上下的质疑和指责，左宗棠泰然处之。 后来，在左宗棠的建议下，清廷决定在新疆建立行省，战功赫赫的刘锦棠成为首任巡抚。
