中科大（中国科学技术大学）与国科大（中国科学院大学）同为中国科学院直属高校，但二者在历史沿革、学科布局、培养定位及地域分布上存在显著差异，同时存在紧密的科教融合关联。

中科大创建于1958年，是中国科学院为“两弹一星”事业创办的红色高校，1970年迁至合肥，现为“双一流”“985工程”“211工程”重点建设高校。国科大前身为1963年试办的中国科学院研究生院，2012年更名为现名，2014年开始招收本科生，形成本硕博完整培养体系。两校均直属中国科学院，但中科大历史更悠久，国科大则以研究生教育起家。

中科大以理工科为主，涵盖医学和特色文科，本科专业44个，强调本硕博贯通培养，学科评估中7个一级学科获评A+。国科大以科教融合为特色，研究生教育为主体，本科专业仅15个，但学科评估中18个一级学科获评A+，在基础学科领域优势突出。两校均注重科研与教学结合，但国科大更侧重高层次科研人才培养。

中科大主校区位于合肥，面向全国招生，2024年本科招生超2000人。国科大主校区在北京，2024年仅在13个省市招生，本科计划430人，规模远小于中科大。

两校共享中国科学院科研资源，国科大75个教学科研单位与中科院各研究所深度融合，中科大也与中科院多个研究院所共建科教融合学院，实现校所研究生教育实质性融合。