从关中回到建康后，宋公刘裕接下来要做的，就是代晋称帝，改朝换代。从西晋到东晋，晋政权已存在了百余年，但司马氏一开始就得国不正，从头到尾又是烂事一堆，始终就没能获得受命于天的合法性评价。何况东晋在被桓玄所篡之后，实际上已经亡了，接下来十几年就是刘裕顶着它的招牌一路征战，打荆州桓氏、打青州慕容、打广州卢循、打西蜀谯纵、打襄阳鲁氏、打后秦姚氏——平定了一堆割据势力与北方胡虏，将南方进行了重新整合乃至扩张，这江山自然应该是姓刘的。
而且如今刘裕已年迈，诸子又尚幼，如果再不换牌子，刘裕只怕自己一死儿子们就会被清算。所以刘裕决定尽快废晋自立，以清除门阀政治的余毒，回归“主威独运，官置百司，权不外假”的专制皇权政治传统（注1）。
事实上，这个工作早在北伐开始时就已经在做铺垫了，故刘裕在417年正月率军至留城时重修了张良庙，在417年9月收复长安后又祭拜了汉高陵，418年正月回到彭城后又祭祀了楚元王刘交，刘交是汉高祖刘邦的幼弟，封地恰好就在彭城（今天的徐州楚王山一号汉墓就被认为是刘交之墓），刘交是刘裕的二十二世高祖。刘裕这些行为，颇有借古自炫的政治意味，同时也是在为刘氏取代司马氏承接天命做舆论准备，表示自己作为汉室后裔并没有忘记祖先的荣耀，也不会忘记那些匡扶汉室的英杰，而他所将要创立的王朝虽然不叫汉，却继承了汉朝“拨乱反正，大造区宇，道拯横流”的大天命（傅亮《为宋公修复前汉诸陵教》），而非东晋偏安江南的小天命（注2）。
义熙十二年（418年）六月，刘裕回到建康，朝廷第三次下诏授予他相国、宋公、九锡之命（第一次下诏是他收复洛阳时，第二次下诏是他收复长安时），刘裕接受，遂正式启动换招牌工程。
当时，民间流传着“昌明之后尚有二帝”的谶语，晋孝武帝司马曜字昌明，现在的白痴皇帝晋安帝是他长子，这意味着晋安帝之后晋朝还有一帝。刘裕便命中书侍郎王韶之负责谋划暗杀晋安帝司马德宗，另立晋安帝的弟弟琅邪王司马德文为帝。司马德文常在司马德宗身边，饮食睡眠，未尝暂离。王韶之窥伺多时，终于找到一个司马德文外出的短暂机会，由于时间紧迫，王韶之也顾不得准备毒酒啥的，干脆亲自上手，用衣裳拧成绳索，活活勒死了司马德宗。王韶之出身琅琊王氏远房旁支，从小家境贫寒，“尝三日绝粮而执卷不辍”（《南史·王韶之传》），没有在门阀政治中获得过什么好处，所以才投靠了刘裕，任中书侍郎，做上了这“掌诏诰”的清要官职中书侍郎。既然其他门阀都不愿干这脏活，刘裕就让王韶之来干。东晋王朝起于琅琊王氏，那就让它终于琅琊王氏。这才是历史的对称之美嘛。
于是，在418年12月，司马德文即位，是为晋恭帝。谥法《逸周书》曰：“尊贤贵义曰恭。敬事供上曰恭。尊贤敬让曰恭。既过能改曰恭。”这样软弱卑微的谥号，以前从来没有放在皇帝身上过，晋恭帝这也算是创举了。而王韶之也因杀害晋安帝的投名状，从此深得刘裕信任，迁黄门侍郎，加骁骑将军，又领著作郎，兼中书侍郎掌诏诰。“凡诸诏黄（即写在黄麻纸上的诏书），皆其辞也”。学者王宝指出，王韶之一身三任，同时履行出诏、批奏、修撰国史的三重职责，正是刘裕掌控内廷的利器（注3）。
又过了半年，419年七月，刘裕终于接受了宋王的爵位，并将宋国霸府从彭城移驻至寿阳。寿阳就是寿春，这里位于彭城西南的淮河南岸，“地方千余里，有陂田之饶”（南齐书·州郡志上》），且距离建康更近，刘裕镇此，既可经略淮北、河南，也能更好地遥控建康（注4）。据傅仲侠《中国军事史·历代战争年表（上）》（解放军出版社1986年版）所录战事进行的统计，东晋南北朝时期南方政权大规模北伐行动为19次，但由彭城方向为12次，寿春方向才8次（有刘裕分兵北进之举）；而同时期北方政权大规模的南征行动也为19次，由寿春方向进攻的就有12次（著名的淝水之战就发生在寿阳城东）。由此可见，刘裕从彭城移镇寿阳，明显有将战略方向由外扩转为内固的意思。另据《水经注·肥水》所载，刘裕于此期间还在寿阳郭内另筑了一座内城（原先已有一座内城名曰金城），曰相国城，以增强寿阳的防御能力。
然而，朝廷里的门阀们仍然端着装傻，没有一个人主动提出晋宋禅代之事，大家都是体面人，刘裕也只好体面的提醒他们。420年春天，57岁的宋王刘裕召集朝臣们在寿阳宋王宫中饮宴，突然难得的吐露心事道：“桓玄篡位，鼎命已移。我首唱大义，兴复帝室，南征北伐，平定四海，功成业著，遂荷九锡。今年将衰暮，崇极如此，物忌盛满，非可久安；今欲奉还爵位，归老京师。”群臣们一时不明（或者装作不明）其意，只是盛称功德，却无一人捅破那张窗户纸。直到天黑了宴席结束，大家各回各家，宋国的中书令傅亮走到半路，才忽然醒悟（或者想通）到刘裕的意思，急忙回车。此时宋王宫门已关，傅亮叩门求见，见到刘裕后，他只了一句话：“臣暂宜还（建康）者。”刘裕心照不宣，便说：“须几人自送？”傅亮说：“数十人可也。”这俩人好像啥也没说，但又好像啥也说了，这就是君臣之间的好默契。
傅亮确实是推动这件事的最好人选了，他出身的北地傅氏虽非高级士族，但傅亮这一支自汉末以来六代高官（西晋名臣傅玄之后），比同出北地傅氏的雍州流民帅傅弘之的门第要高很多（因傅弘之的曾祖父傅畅曾沦没于后赵）。而且傅亮是个大笔杆子，“博涉经史，尤善文词”，十余年来都在刘裕军府掌机要，并在中书省掌管诏命，刘裕为宋公后更升任中书令，号称“学冠当时，朝廷仪典，皆取定于亮”（《宋书·蔡廓传》）；此前为刘裕造宋做宣传的《册宋公九锡文》《为宋公修张良庙教》《为宋公修复前汉诸陵教》《为宋公修楚元王墓教》等文也都是傅亮执笔的，如今这些禅让文书之类，对他来讲亦是小意思。学者孙宝也指出，傅亮作为晋末宋初的中书官典范，其相关撰制也成为南朝王言的范本。任昉（南梁著名文人、竟陵八友之一）“尤长为笔，颇慕傅亮才思无穷”（《南史·任昉传》），足见其影响深远（注5）。
据傅亮说，他当天晚上领受了这个改变历史的重任之后，出来后就看到满天流星划破夜空，此种星象古人认为乃“除旧布新”之象，眼见此景，傅亮拍腿大呼：“我常不信天文，今姑验矣。”
傅亮到建康后，立即与尚书仆射徐羡之等重臣商量，开始紧锣密鼓地筹备晋宋禅代之事。四月，晋恭帝发诏书征召宋王刘裕入朝。刘裕以四子刘义康为都督四州诸军事，豫州刺史，留镇寿阳，然后在六月初九到达建康。傅亮早已为晋恭帝司马德文拟好了禅位诏书，让他抄一遍就好了，司马德文早就不想在这位子上受折磨了，遂欣然提笔抄写，并对左右说道：“桓玄之时，晋氏已无天下，重为刘公所延，将二十载；今日之事，本所甘心。”抄完之后司马德文便主动搬出宫去。刘裕依惯例上表推辞，而以陈留王曹虔（曹魏后裔）为首的建康贵族官员和宋国的群臣二百七十人向刘裕上表劝进数次，刘裕终于答应。
420年六月十四日，刘裕在建康南郊设坛祭天，正式即位，年号永初。而这位宋武帝即位后的第一条诏令就是：“其犯乡论清议，一皆荡涤，与之更始。”
刘裕在布衣时就曾因颇受乡人讥议而未能定品入仕，后来只能从军建功；可见用“乡论清议”这种虚无的道德主义，来遴选士族为官，这才是门阀贵族政治的精要与根底所在。事实上，两晋时大赦诏书，就从未有过荡涤清议的条文。所以宋武帝开创先例，一上位就朝着门阀的根底要害狠打，明显是学了曹操“唯才是举”的路数，从人才选拔的关键点上入手，为重建专制皇权政治铺路。从此，南朝“寒人掌机要”的政治局面初具雏形。士大夫阶层的利益代表司马光正是看到了这则史料的标志性意义，所以才在《资治通鉴》这里特意引用了裴子野（南梁史官，裴松之曾孙，出身河东裴氏）之论云：“昔重华受终，四凶流放；武王克殷，顽民迁洛。天下之恶一也。乡论清议，除之，过矣！”（《资治通鉴·宋纪一》宋武帝永初元年）
司马德文退位之后，被降爵为零陵王，由宋武帝的族弟冠军将军刘遵考率兵保护（严密监视）居住在秣陵县（今南京市江宁区秣陵街道）。但是宋武帝仍不放心，如今天下还有不少怀念晋朝的遗老，其中甚至不乏陶渊明（注6）、徐广（注7）、袁湛（注8）等名动天下的文士、贵臣。另外，两晋毕竟延续了一百五六十年，仅东晋即达一百年，宗室繁衍，到晋宋之际仍有不小的力量，甚至还有不少司马宗室余孽勾结刘宋异己势力流亡在北魏，或盘踞于魏宋边境，或流窜于刘宋统治薄弱的汝颍乃至洛阳一带捣乱（注9），声称要“存立司马，诛除刘族”（《魏书·崔浩传》）。宋武帝尚在这些宵小当然掀不起风浪，但武帝已经老了，太子刘义符又才15岁，这怎么能让人放心呢？只要司马德文还活着，晋朝就还有复辟的可能。
所以，与汉献帝、魏元帝及其子孙能够安享富贵不同，晋恭帝司马德文的命运注定悲惨。
永初二年（421年），宋武帝决定除掉才36岁的司马德文，以绝后患。他找来曾担任司马德文郎中令的张伟，给他一坛毒酒，让他毒死司马德文。张伟叹息说：“鸩君以求生，不如死！”于是自己喝下毒酒身死。这世上有不怕死的忠臣义士，但也有为求富贵而不要脸的六朝门户。张伟死后，刘裕又将这个脏活交给了司马德文的三个大舅子右卫将军褚裕之、太常褚秀之、侍中褚淡之。这三兄弟出身颍川褚氏，曾祖父为东晋太傅褚裒，也是妥妥的高级士族，且世代与晋室通婚，东晋中期“三度临朝、扶立六帝”的著名皇后褚蒜子，就是褚氏兄弟的姑奶奶；如今褚氏兄弟的妹妹褚灵媛又嫁给了司马德文。可惜这注定是一段孽缘，褚氏兄弟为了家族的长期饭票，决定牺牲自己的妹妹与妹夫。特别是他们的长兄褚裕之，当年任广州刺史肥差时“广营贿货，家财丰积”，因而被朝廷免官，禁锢终身。所以武帝即位后，褚裕之带着弟弟们自愿承担起了监视、杀害司马德文的任务，他们先想办法杀了司马德文的儿子们，只给他留下了一群女孩儿。
死亡的威胁已经临头，司马德文只能加倍小心，他每天都与褚灵媛共处一室，在床前煮饭烧汤，饮食都由褚妃亲手操办。褚氏兄弟一时难以下手。他们就假借从外地回来探视妹妹的机会，将褚妃引到外室相见。士兵们趁机翻墙而入，逼司马德文服毒自尽。司马德文后半生极其信奉佛教（注10），所以不肯服毒，因为按照佛经，自杀者也造杀生重业，来世不能得人身，所以还是得劳烦你们辛苦一下。这一个小小的要求，士兵们当然愿意成全，于是他们用被子蒙住司马德文的头，将他闷死。获悉旧主不幸 “暴薨”的噩耗，刘裕率文武百官在朝堂上为其举哀三日，以对晋王朝做最后的悼念。
此后，褚氏一门在刘宋朝皆显贵。褚裕之第二年就做了持节都督四州六郡诸军事、征虏将军、雍州刺史，成为二品封疆大吏。此后，褚氏子孙又开始与刘宋皇室世代联姻。褚秀之之子褚湛之两次尚主（武帝七女始安哀公主和五女吴郡宣公主），褚湛之的女儿也嫁给了宋文帝刘义隆次子始兴王刘濬。另外褚湛之的两个儿子与褚裕之的孙子又尚宋文帝之女。后来萧齐代宋，褚氏又是鞍前马后，甚至亲自为齐高帝奉玺绶，“将一家物与另一家”，然后他们接着做了萧齐的姻戚，反正皇位谁坐不是坐，家族的长期饭票才是最重要的。
最后顺便说下，一般人认为宋武帝将建康的晋朝皇族斩尽杀绝、灭了司马氏满门，其实并没有。继承司马德文零陵王爵位的是晋宗室司马元瑜，位在曹魏陈留王之上。其后司马氏的零陵国又传了三四代至南齐末年，直到梁武帝代齐才将其爵位削除。所以，相比北齐文宣帝高洋将元魏宗室三千人斩杀殆尽，刘裕其实已经很仁慈了（注11）。后世很多史家评述刘宋，都要抓刘裕小辫子，说他首开诛杀前朝逊位君主与宗室之恶例、罪莫大焉——但这其实是皇权至尊思想深入人心之后的思维惯性，至少南梁史臣沈约就不这么认为，他评价刘裕：“汉氏载祀四百，比胙隆周，虽复四海横溃，而民系刘氏，惵惵黔首，未有迁奉之心。魏武直以兵威服众，故能坐移天历；鼎运虽改，而民未忘汉。晋籍宰辅之柄，因皇族之微，世擅重权，用基王业。……民已去晋，异于延康之初（220年，汉献帝最后年号），功实静乱，又殊咸熙之末（265，魏陈留王最后年号）。所以恭皇（晋恭帝）高逊，殆均释负。若夫乐推所归，讴歌所集，魏、晋采其名，高祖收其实矣。盛哉！”（《宋书·武帝纪》史臣曰）
周一良认为，沈约态度如此，主要是由于曹魏末年远非主昏臣暗、民不聊生的局面，司马氏夺权实在师出无名；而东晋末年从司马道子、桓玄再到晋安帝，就没有一个像话的。所以史臣们才公然歌颂刘裕代晋是众所乐推，不像魏晋两朝夺取政权那样空标榜美名而实不相符。这和陈寿在《三国志·魏书》中畏首畏尾的态度，是多大的差别啊！（注12）总之，刘裕建宋的合法性，胜过魏晋禅代，这一点南朝士庶皆无异议；而对刘裕弑君进行严厉批评的，全都在皇权至尊思想完全建立的明代以后（注13）。张岩也认为，后世的弑君习气与刘裕并不存在必然的因果联系，与其说后来者是效仿刘裕，不如说是观念变迁所致。事实上，南北诸朝所发生的比弑君更为不堪入目的事比比皆是（注14）。
注1：见《宋书·恩幸传》。事实上，田余庆《东晋门阀政治》一书的核心观点就是：东晋南朝近三百年总的政治体制，主流是皇权政治而非门阀政治。门阀政治只是皇权政治在东晋百年间的变态，是政治体制演变的回流。门阀政治的存在是暂时性的，过渡性的，它是从皇权政治而来，又依一定的条件向皇权政治转化，向皇权政治回归。皇权政治的各种制度经过南朝百余年的发展，终于与北朝合流而形成隋唐制度的重要渊源。参阅田余庆：《东晋门阀政治》，北京大学出版社，2012年，第345页。
注2：详细可参阅童岭：《义熙年间刘裕北伐的天命与文学——以傅亮<为宋公修张良庙教>、<为宋公修楚元王墓教>为中心》，文载《中华文史论丛》2019年第三期，上海古籍出版社。
注3：孙宝：《南北朝选官制度与文运兴变》，中华书局，2023年，第129页。
注4：寿阳总绾涡、颍、淮、淝几条水道，交通非常便利。正如东晋伏韬《正淮论》所言：“彼寿阳者，南引荆汝之利，东连三吴之富，北接梁宋，平涂不过七日，西援陈许，水陆不出千里。”（《晋书·伏韬传》）而且“寿春之去建康才七百里”，可以“乘舟籍水，倐忽而至” （《资治通鉴·齐和帝中兴元年》）。
注5：孙宝：《南北朝选官制度与文运兴变》，中华书局，2023年，第131页。
注6：陶渊明在政治上倾向晋王朝厌恶刘宋政权，在他的著作中有很多体现。洪迈及胡宏仁等学者都认为陶渊明创作《桃花源记》将避秦之人比喻自己避宋。事实上，陶渊明虽然曾经在义熙初年做过刘敬宣和刘裕的参军，与京口诸将都有一点交情（老病时檀道济还来看望、接济过他），但他看不过刘裕揽权，很早就归隐田园了。《宋书·隐逸传》中也提到陶渊明在东晋被刘裕取代之后的作品中，只题年月，不题年号，说明陶渊明从内心深处不承认刘宋政权。陆游由此有诗曰：“寄奴谈笑取秦燕，愚智皆知晋鼎迁。独为桃源人作传，固应不仕义熙年。”
注7：徐广是当时著名的学者、史学家。刘裕受禅时，他唏嘘流泪，声称“身世荷晋德，实眷恋故主”（《宋书•徐广传》）。
注8：袁湛出身南朝四大盛门之陈郡袁氏，女儿嫁给刘裕第三子刘义隆（即宋文帝文元皇后袁齐妫）；然而这位刘裕的亲家、朝廷的高官（尚书右仆射、兼太尉）在奉旨到洛阳拜授刘裕九锡的这种敏感时刻，却跑去致敬晋帝陵，表示自己于晋室未能忘情（《宋书•袁湛传》）。
注9：《魏书·司马楚之传》：“（司马楚之）乃亡于汝颍之间……及刘裕自立，楚之规欲报复，收众据长社，归之者常万余人。刘裕深惮之，遣刺客沐谦害楚之（未成）。”《宋书·王康传》：“时有一人邵平，率部曲及并州乞活一千余户屯城南，迎亡命司马文荣为主。又有亡命司马道恭自东垣率三千人屯城西，亡命司马顺明五千人屯陵云台。”
注10：《晋书·安帝纪》：“（司马德文）其后复深信浮屠道，铸货千万，造丈六金像，亲于瓦官寺迎之，步从十许里。”瓦官寺位于今南京市秦淮区集庆路南侧，始建于东晋兴宁二年（公元364年），东晋末年已拥有上千僧众，简文帝亲临听讲经，乃中国佛教天台宗的祖庭。
注11：《北史·齐显祖文宣皇帝纪》：“五月癸未，（北齐）诛始平公元世、东平公元景式等二十五家，禁止特进元韶等十九家。寻并诛之，男子无少长皆斩，所杀三千人，并投漳水。” 《北史·卷十九·列传第七》：“（北齐）大诛元氏，自昭成（即十六国时期北魏先祖代王拓跋什翼键，谥昭成）已下并无遗焉。或父祖为王，或身常贵显，或兄弟强壮，皆斩东市。其婴儿投于空中，承之以槊。”总之，论弑君之狠毒，前有王莽司马昭，论屠杀前朝皇室，后有高洋杨坚，刘裕“战绩”在其中真得很不够看。
注12：周一良：《魏晋南北朝史论集》，北京大学出版社，2010年，第367-368页
注13：王夫之《读通鉴论·宋武帝》：“宋可以有天下者也，而其为神人之所愤怒者，恶莫烈于弑君。”赵翼《廿二史札记》：“其悖逆凶毒为自古所未有，则书法自应明著其罪。”
注14：张岩：《东晋：皇权与门阀的百年博弈》，新世界出版社，2024年，第1120页。