执行完任务后，由于舰船需要涂油防护，旅顺军港还未完工，又距离日本较近，于是李鸿章便令舰队去日本维修，顺便对日“亲善访问”。彼时的中日关系很敏感，日本于1874年侵略台湾，迫使清政府赔偿了50万两白银，国内对日强硬呼声不断。且日本一直觊觎朝鲜，这又绕不开中国，中日间可以说暗潮涌动。
这次决定去日维修军舰，多多少少有点展示军威的意思。1886年8月1日，北洋舰队到达长崎，岸上挤满了围观的人群，看着中国的铁甲巨舰，不少人发出赞叹，也有不少人感慨要是日本有如此巨舰就好了，当然也有人愤愤不满认为这是在挑衅。8月13日，日方邀请舰队官兵上岸购物，但一些人去了风月场所，可能由于语言不通，双方有些误会，日方警察来维持秩序，将人员驱散。结果部分官兵不满处理结果，将近400人冲到日本警局，将一警察打成重伤，中方一名水兵被捕，官兵们要求放人，同时舰队大炮褪去炮衣，对准长崎，准备开炮，这下日方慌了，声称误会，答应放人赔偿。客观的说，这次事件由北洋官兵不遵军纪引起，有点很明显的威慑味道，但是列强对我们一直不都是这样吗，讲过道理吗？
8月15日，舰队官兵放假一天，400多人上岸自由活动，规定不能携带武器。由于13日的事，双方都憋着一口气，当日下午，北洋官兵被大批日本警察和市民围堵，双方发生激烈械斗。结果中方死10人，伤40多人，日方死5人，伤30多人。
事件发生后，北洋舰队官兵群情激愤，纷纷要求对日开战，英国教官琅威理命令舰队全体进入战时状态，大炮上弹代发，随时准备开战，并建议丁汝昌，先发制人，日本海军不足为虑，一战打怕他们。但丁汝昌讲究绝不开第一枪，将此事上报。李鸿章得知后也很生气，召见日本领事提出抗议，声称我方随时可以开战，你们好自为之。
最后各自赔付对方损失，长崎事件是近代中国外交上少有的强硬。但在日本人看来外国水兵来本国滋事，最后竟然要本国赔款，简直就是奇耻大辱。“中国威胁论”迅速成为了日本主流民意；同时“大力发展海军”也成了日本国内从上到下各个阶层的共识；“一定要打败定远”更是作为了日本海军的目标和口号。明治天皇甚至决定每天只吃一顿饭，全国捐款，大力发展海军。
可惜我们的洋务运动未能从根本改变，仅凭几艘坚船利炮，最终还是未能避免甲午惨败的命运，但证明了拳头硬就是有话语权。
