接下来第六师团参加了甲午战争攻击北洋水师威海卫基地的行动，日俄战争和九一八事变的军事行动，对我国人民造成了严重的伤害。
抗战爆发后，时任师团长谷寿夫率领第六师团参加了进攻南京的战役，在进城后，谷寿夫没有约束部下的行动，反而放纵部下为所欲为，在南京大量杀害我军民，其罪行罄竹难书。
1938年2月，第六师团参加了徐州会战后，被日军大本营调往太平洋战场布防。珍珠港事件后，太平洋战争爆发，初期其彪悍的作风对美军造成了重大杀伤。但面对逐渐强大的美军，慢慢的变得力不从心。
1943年10月，第六师团驻守布干维尔岛，面对美军的强行登陆，其组织部队抵抗。此时的美军讲究火力制胜，能用炮的情况下，绝对不用人，大口径舰炮对着日军一顿疯狂输出，许多日军还未见到美军就灰飞烟灭，第六师团伤亡了几千人。
1944年10月，第六师团还剩下2500多人，此时的对手换成了澳大利亚军队，在做困兽之斗后，伤亡殆尽。
1945年9月6日，日军第八方面军向澳大利亚投降，至此，作恶多端的第六师团覆灭。
身负血债的原第六师团长谷寿夫，于1946年2月2日被美军逮捕，后于8月1日被引渡到中国，1947年4月26日，被中国处决，结束了其罪恶的一生。
