1932年1月，蒋介石重返南京， 向戴笠交代任务：组织“中华民族复兴社特务处”，掌握情报。戴表示：“从现在起，我一手接命令，一手提头颅，决心效死，义无反顾。”
此后戴笠一直负责情报工作，抗战期间除掉了不少的汉奸和日寇，比如汉奸张敬尧，上海市长傅筱庵，青帮头目张啸林等，也杀了很多的抗日志士，比如吉鸿昌就在1934年11月24日被戴所杀。
由于戴笠情报工作的特殊性，一般很少公开露面，但在举报军统培训班时，往往亲自任班主任，并告诫众人，“军统的历史是用同志们的血汗和泪水写成的。重要的是，死亡临头之时，要甘为事业献出自己的生命，还以霍去病为例，说匈奴未灭，何以家为、针尖不能两头尖为训，规定战时特工不许结婚”。他会给死亡的特工们一笔丧葬费，照顾他们的妻儿父母，因此培养了很多忠心的特工。
1946年3月17日，乘专机由青岛飞往南京时，在南京西郊的岱山失事身亡。
被美国总统罗斯福称为，中国的海因里希·希姆莱。
