1980年，纪登奎写了一封简短的辞职信，主动向上级请求辞去一切职务。让人意外的是，他的辞职请求第二天就被顺利批准，这也意味着他彻底回归了普通人的身份，他的名字也不再出现在广播和报纸上，关于他的年代记忆也随着时间的流逝，逐渐被人们所淡忘。
辞职以后，纪登奎主动搬出了原来的住所，并请求撤走警卫和服务人员，因为他深知不在其位，不谋其政的道理，不愿再给组织上添麻烦。此后，纪登奎搬到了一处僻静的宅院，而他搬家的物品也很简单，只有几件老旧的家具和一些书籍，因为他向来崇尚节俭，对物质条件没什么过高追求。
纪登奎当时只有五十多岁，身体也比较健康，他本有大把的时间和精力用于工作，但辞职的决定是他经过深思熟虑后做出的，他也从来没有为之后悔过。他的退休生活过得平淡而充实，每天的作息也很规律，除了看书读报外，他没有什么兴趣爱好，也很少在公开场合露面。偶尔会有过去的老朋友前来拜访，他总是清茶一杯以诚相待，彼此心照不宣从不谈论关于工作的话题。
鲜为人知的是，纪登奎晚年也曾短暂的“复出”过，当时他应邀在一家研究所担任研究员，主要负责研究农村的发展问题，当然这只是一份闲散差事。但纪登奎却以积极的态度投入其中，还不顾舟车劳顿到基层了解真实情况，写了很多接地气的调查报告，因为他想在有生之年为社会再做一点实事。
除此之外，纪登奎还准备亲笔撰写一部自传，详细总结他的人生经历，特别是与他关联的一些重要事件，这样既对子孙后代有一个交待，也为史料研究提供一些可靠的参考。但遗憾的是，他的写作计划只开了一个头就戛然而止，因为一场突发的疾病夺去了他的生命，谁也没有想到他会以如此猝不及防的方式告别人世。
纪登奎的人生永远定格在了65岁，他的后事也很简单朴素，这也符合他生前一贯的作风。很多时候，评价一个人物并不是看他做了多少轰轰烈烈的大事，而是到底为人民做了多少实实在在的好事，纪登奎虽然行事低调务实，从不宣扬自己，但他做出过的功绩和贡献必将被历史铭记在册。
