1870年，两江总督马新贻被刺身亡，慈禧震怒，派曾国藩前去彻查。不料，曾国藩拖延数日才动身，审讯时也是一言不发。主审官员密报慈禧：再查大清就完了...... 江宁城头张贴着一张通缉画像，画中人两鬓斑白，神情憔悴，正是前两江总督马新贻。案发一个月有余，官府悬赏通缉凶手，却仍一筹莫展。
堂堂总督大人，竟被一个衣衫褴褛的民夫刺杀于街头，白日暴尸。这桩命案之奇，在大清两百年历史上也绝无仅有。 消息传到京城，慈禧太后震怒不已。她立即连续颁布四道懿旨，严令将军魁玉彻查此案，又派遣张之万、郑敦锦前往协助，务必查出真凶。
与此同时，慈禧还急召曾国藩回任两江总督，接手此案。她相信，只有名臣曾国藩，才能找出幕后黑手。 曾国藩此时正值风头正盛之时，号称“曾国智”，在剿灭太平天国的战争中立下汗马功劳，受封为直隶总督。然而他却推称老体虚弱，不便远行。但在慈禧的严厉催促下，还是接下了此案。 曾国藩抵达江宁已是三月之后。在此期间，魁玉和张之万反复审问凶手，却毫无进展。曾国藩不闻不问，自顾赴茶会、读书会，与江南文人唱和作对。慈禧太后急得直捶大腿，立时派刑部尚书郑敦锦前往会同办案。 郑敦锦刚抵达江宁，就迫不及待召开第一次问案大会，他相信凭自己丰富的办案经验，定能破此悬案。可是他万万没有想到，主审官曾国藩竟然冷眼旁观，始终一言不发。
郑敦锦独自向凶手提问，一问再问，对方坚持是为私仇而杀，没有指使之人。郑敦锦百思不得其解。曾国藩此番举动，岂是无心之过？他隐隐感觉，此案蹊跷重重，必有隐情。于是暗中派人四处探访，希望能找出些蛛丝马迹来。
就在此时，马新贻的养子马毓桢前来求见，他透露出一个令郑敦锦震惊的信息——慈禧太后在召见马新贻拜任两江总督之前，曾先后多次在宫中秘密会见他，而最后一次会见结束后，马新贻神色极其严峻，浑身大汗，冷汗直流。 马新贻回府后，更是留下遗嘱，嘱咐家人日后务必低调行事，以保全性命。他似是预见到了自己的结局。郑敦锦立时意识到，此事非同小可。 谜底逐渐明朗，原来太平天国覆灭后，曾国藩向慈禧禀报，天京城已毁，圣库中只剩区区白银两千两。但据探子回报，当年太平天国积累了上千万两白银，不知流向何方。慈禧一直怀疑宝藏被曾国藩私吞，这才藉马新贻之手，想探个水落石出。 曾国藩岂会善罢甘休？他明知马新贻的调查必然触及自己利益，便设法除去了障眼人。这才是刺杀马新贻的真正动机。
郑敦锦顿时背后发凉，马上向慈禧禀报，此案再查下去，势必牵扯太广，将激起曾国藩强大的湘军反叛，那时清廷必然难保。 慈禧权衡再三，也不敢与曾国藩为敌。只好含糊其辞，就此结案。郑敦锦辞官归田，曾国藩仍担任两江总督。真相就这样葬送在尘埃里，马新贻的死也成了一桩未解之谜。 马新贻之死，牵扯出晚清朝堂深重的暗流涌动。曾国藩与慈禧太后在权力上角力不断，马新贻成为了两人斗争的牺牲品。他只是一个履行职责之人，却被卷入了权力的漩涡，无辜丧命。 其实，晚清王朝内忧外患，积弱已久。马新贻只是众多忠良之士的一个缩影。他们大多也是出身寒门，靠着勤勉拼搏出人头地，却往往难逃被利用的命运。 朝中奸佞当道，官场腐朽，让人心生绝望。这就是一个帝国日渐衰落的真实写照。 马新贻命案背后所反映的种种弊病，也让人不禁感叹，这个国家的黄昏，在不知不觉中已经渐行渐近。历史的巨轮滚滚向前，直到清朝覆灭的那一刻，才真正划上了句号。但对于马新贻这样无辜失去性命的勋臣来说，哪一刻才是他冤屈得以昭雪的终点呢？
