博斯腾湖位于巴音郭楞焉耆盆地最低处，属南天山造山带中的山间断陷盆地，地质历史上曾是塔里木古老地块的一个组成部分。博斯腾湖是我国最大的内陆淡水湖，也是新疆现存最大湖泊，湖体可分为大湖区和小湖区两部分。作为中国最大内陆淡水吞吐湖，主要补给水源是开都河，而流出河流是孔雀河。博斯腾湖是中国四大集中产苇区之一，作为新疆最大的渔业基地，博斯腾湖水生动植物资源十分丰富。