南京在明朝是备用首都
朱元璋建立明朝，在南京定都，此后建文帝、朱棣前期南京都是首都。永乐后期，朱棣为了抵挡北方游牧民族的入侵，迁都北京。南京就做为留都，也就是备用首都。南京一直保留着六部、都察院、翰林院等跟北京一模一样的中央机构。
这两个首都最大的区别在于：皇帝与内阁大学士等实权人物都在北京，北京的中央六部也都是实权。南京的六部官员都是虚职，没有实权，也没啥事干，跟内退差不多，平时上班就是喝茶吹牛。南京有实权的部门是南京的军事防务部门。比如崇祯末年，南京兵部尚书史可法，那是拥有军权的。
两个首都的好处是，一