1950年，吴石被捕后，他的上司周至柔做了几件事情想救他，原因很简单，他在日记中写道：“若今日杀吴石，他日必有人效仿！” 1950年初，台湾省工作委员会书记蔡孝乾叛变，吴石的身份暴露出来。保密局负责人毛人凤提出马上抓捕，周至柔当时担任参谋总长，他接到报告后，以需要秘密调查为理由，把抓捕行动拖延了几天，没有直接交给保密局处理。 几天后，周至柔亲自带队搜查吴石在台北的住所，结果在家里找到吴石签发给朱枫的特别通行证存根，而朱枫那时已经被捕，她的地下党员身份也已经暴露，这份存根让吴石的身份彻底瞒不住了。吴石案情清楚后，周至柔没有让案子直接交给保密局审讯，而是推动进入军事法庭程序。 他觉得通过正规司法途径，或许还能给吴石留点处理余地。1950年4月7日，周至柔向蒋介石提交签呈，提议成立高等军法会审庭，指定二级上将蒋鼎文担任审判长，韩德勤和刘永尧为审判官。 这些人选跟吴石没有直接利益关系，而且一向重视军法流程。法庭审理过程中，审判官们查看卷宗时发现供词有多处不一致，部分关键证据也不够充分。 蒋鼎文等人商量后，联名提出从重判决但免除死刑的意见。周至柔拿到这份意见，马上整理材料呈交给蒋介石，还附上自己的说明，希望按这个路子走。 周至柔这么做，除了他和吴石是老校友兼上下级关系，还有他自己的考虑。当时台湾地区正处在高压氛围下，稍微有点嫌疑就被牵连，很多军官只是因为跟大陆有过书信往来，就被打上通共标签。 周至柔在日记里写得很直接，如果今天随意给吴石安罪名处决，明天同样的手段就可能落到任何人头上，这会让全军陷入人人自危的境地，对军队的凝聚力打击很大。作为参谋总长，他觉得吴石职位高，如果被处决，非嫡系将领可能会恐慌，互相猜忌，这对一支军队来说不是好事。 蒋介石收到周至柔呈报的审判意见后，没有采纳免死建议，直接下令判处吴石死刑。吴石在审讯中没有低头认罪，周至柔知道继续替他说情可能会让蒋介石起疑，所以就没有再坚持。 从吴石被捕起，周至柔也没有在公开场合为他发声。1950年6月10日，吴石被押到刑场执行枪决。