加剧军事紧张，使双方军事对峙风险攀升。
地缘政治格局改变
日本部署远程导弹之举，正潜移默化地重塑东亚地区的地缘政治格局。原本相对稳固的地区平衡被打破，周边国家不得不重新考量自身的安全战略。韩国等国也会因日本这一动作强化自身军事防御，从而使整个东北亚地区的军事对抗氛围更为浓烈。
民间情绪对立
在民间层面，日本此举势必会进一步激起中国民众对日本的不满情绪。过往的历史伤痛本就深深铭刻在中国人心中，如今日本在军事上的激进举措，会让民众对日本的信任度降至谷底。民间交流活动可能会遭受冲击，旅游、文化等领域的合作也可能会受到影响，这对中日两国友好关系的长远发展极为不利。
外交关系遇阻
外交层面，中日之间的沟通与对话将变得更为艰难。双方在外交场合的交流可能会火药味十足，原本就存在的一些争议问题，如钓鱼岛问题等，会因日本部署远程导弹这一事件而变得更为复杂。两国在国际组织和多边机制中的合作也可能会受阻，难以在地区和全球性问题上达成共识。日本此举无疑是在自毁与中国构建良好外交关系的桥梁，将两国关系推向更为紧张和不稳定的局面。