伊朗和巴基斯坦历史上冲突不少。19世纪，英属印度（当时巴基斯坦属其一部分）与波斯（今伊朗）在俾路支地区有领土争端。英国为扩张在南亚势力，挑动双方矛盾，让伊朗和巴基斯坦在边境划分上产生分歧。
20世纪80年代，两伊战争期间，伊朗指责巴基斯坦支持伊拉克，双方关系紧张。宗教上，伊朗以什叶派为主，巴基斯坦逊尼派占多数，宗教差异有时也会引发民间矛盾和摩擦。不过，两国也在努力通过外交途径解决问题，维护地区和平与稳定。