中蒙俄经济走廊建设挑战不少。地理上，三国地域广阔，交通基础设施差异大。蒙古国部分地区交通不便，物流成本高，货物运输时间长，影响贸易效率。
政治方面，三国政治体制和政策法规不同。协调政策、制定统一规则难度不小，贸易政策的差异也会给企业合作带来阻碍。
文化差异也是挑战。三国文化传统、商业习惯不同，沟通交流中容易产生误解，影响合作项目推进。比如在商务谈判中，对合同条款的理解和执行可能存在分歧。
经济发展水平上，三国差距明显。中国经济发达，而蒙古国和俄罗斯部分地区经济结构单一，资金、技术和人才不足，限制了合作的深度和广度。