平陆运河生态保护措施成果显著。从官方角度看，这是份诚意满满的“绿色答卷”，采用“主动修复”逻辑。
在水生生物保护上，青年枢纽为不同习性生物建“专属通道”。487.4米竖缝式主鱼道设120个“台阶”和休息池，15°斜坡鳗鱼道像“攀岩墙”。2025年8月到2026年4月，已监测到大量上行和下行鱼类，利于鱼类基因交流。
针对陆域生态切割，建了长240米、宽20米的动物通道桥，桥面覆土植绿，模拟自然生境。平陆运河在建设中兼顾生态，为大型工程生态保护提供了范例。