《物理小识》如今能见到的最早刊本是潭阳天瑞堂本（目前知道有五个印本，国图的两个印本刊印最早，其次是天一阁藏本可惜不全，成都图书馆和四川大学图书馆藏本都是修补后印本），该本与大集堂本应为同一书板，且增补了余扬、郭林两序及游艺《发凡》。本书的版本系统相对简单，所有版本都是这一系统的。这次整理以国家图书馆藏“苦雨斋藏本”（索书号：39374）为底本，其中抄配或缺叶用国图藏另一复本（索书号：T01051）补全，以林衡抄本、文渊阁四库本、翻刻本、宁静堂本为参校本。