准噶尔汗国是17世纪末至18世纪中叶活跃在今新疆地区的一个强大蒙古汗国。它在西北边疆拥有较强的军事和政治影响力。大清帝国（清朝）在统一中国后，逐步向西扩展势力范围，尤其是对新疆地区的控制。准噶尔汗国视清朝的扩张为对其势力范围的威胁，因此双方发生冲突。

准噶尔汗国主要由蒙古准噶尔部族组成，信仰藏传佛教，而清朝是满族统治的多民族帝国，虽然也推崇藏传佛教，但两者之间的文化、民族差异和利益冲突加剧了矛盾。


准噶尔汗国控制着丝绸之路的重要部分，是东西方贸易的关键节点。清朝希望控制这一地区，以保证边疆的安全和经济利益，尤其是控制中亚的贸易通道。双方在贸易和资源控制上的矛盾也促使冲突发生。


准噶尔汗国的存在对清朝的西北边疆安全构成威胁。清朝为了巩固边疆，防止外敌入侵，必须削弱甚至消灭准噶尔的军事力量。这种战略需求使得清朝与准噶尔的冲突不可避免。

总结来说，准噶尔与大清为敌，是由于双方在政治统治权、民族宗教差异、经济利益以及边疆安全等方面存在根本性矛盾和冲突。最终，清朝通过多次战争击败了准噶尔汗国，完成了对新疆地区的统一和控制。