昭通的河里鱼类品种还挺丰富。在四亿年前的早泥盆世布拉格期，昭通就有多孔弓鱼，它属于硬骨鱼纲肉鳍鱼亚纲，化石在云南昭通下泥盆统坡松冲组被发现。
而在现代，赤水河发源于昭通，这里是珍稀特有鱼类重要栖息地。2025年赤水河流域云南段水生生物监测有大发现，首次监测到红鳍原鲌，它喜欢静水，此次发现的全长21cm、体长17.8cm、体重86.71g，是成熟个体。同时，岩原鲤、青石爬鮡、金沙鲈鲤等国家二级保护鱼类出现频率大幅提升，四川白甲鱼等多年未见的物种也重现了。