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医疗和生命科学领域有个公认的趋势:测序成本在断崖式下降,但算力缺口在指数级扩大。

医疗和生命科学领域有个公认的趋势:测序成本在断崖式下降,但算力缺口在指数级扩大。2003年第一个人类基因组测序花费27亿美元,今天全基因组测序成本降到200美元左右。但随之而来的问题是:数据量从当年的几十GB涨到了几百GB甚至TB级,生物信息学的算力需求每两年翻一倍。
中科曙光这次发布的通用高性能计算平台,在生命科学场景给出了一组组合拳:AVX-512指令集原生支持,加上SMT4四线程技术,专门应对生信领域的高通量计算。
拆开来说。AVX-512对分子动力学模拟的加速效果是公认的,GROMACS、NAMD这些主流生信软件的核心求解器全绑在这个指令集上。以前国产平台不支持等于天生瘸腿,这次曙光直接把短板补齐了。SMT4四线程技术也很对症:一个物理核心同时处理4个线程,对于生信领域那种同时跑几百个小任务的场景,任务并发能力直接翻倍。
还有一个点值得提。复旦大学附属肿瘤医院联合团队去年做了个研究,肿瘤基因组分析的批处理任务在传统平台上跑一周,计算资源吃满。曙光新平台的实测数据显示,应用性能平均提升近1倍,六大地学科学场景全跑通。国产计算平台服务民生,这进步节奏确实不一样了。
中科曙光 生命科学 生物信息学 国产算力