基因改造微生物可能会对环境造成潜在风险，主要体现在以下几方面：
生态平衡破坏
- **微生物群落结构和功能改变**：基因改造微生物携带外源性基因，释放到环境中可能改变微生物群落的结构和功能。人工改造的微生物可能具有更强的环境适应性和竞争优势，导致天然微生物群落的失衡。例如，2025年德国某实验室泄漏的基因编辑蓝藻导致水体富营养化，引发区域性生态崩溃。
- **物种入侵与多样性丧失**：合成微生物（基因改造、修饰和重建的微生物）的规模化应用可能造成物种入侵、多样性丧失和生态系统破坏等不可预计的后果。如MIT实验室的「蓝藻砖」实验显示，其释放的基因改造蓝藻可在3个月内占据本地生态位，导致72%的本土植物灭绝。
- **生物地球化学循环紊乱**：若工程菌逃逸至自然环境，可能引发生物地球化学循环紊乱。例如合成生物学设计的「自愈混凝土」含工程菌群，其代谢产物可能改变土壤微生物群落结构，使土壤氮循环效率下降，间接导致农作物减产。
基因转移与扩散
基因改造微生物的基因可能通过水平基因转移传递给其他微生物，可能导致不可预测的生态影响。如果抗药性基因转移到其他有害微生物身上，可能会产生超级细菌，给公共卫生带来巨大挑战。
未知的长期影响
由于基因工程技术相对较新，基因改造微生物长期的潜在影响可能尚未完全了解。其可能在环境中不断进化和变异，产生新的特性和行为，从而对环境和生态系统产生长期的、难以预测的影响。

不过，也有观点认为基因工程改造的微生物可能太弱，无法在自然环境中大量繁殖和存活。但总体而言，为降低风险，通常会采取严格的安全评估和监管措施，如遵循严格的实验室操作规范、进行全面的安全性评估、经过相关监管部门的严格审批等。