遵义会议后，主席与总理有一段七个月的特殊合作。职务上，总理是红军军事上的一把手，主席是其副手，但实战中，主席才是最高指挥者，而总理也给予其充分的尊重与支持，二人亲密无间，从未有任何矛盾。其间，著名战役有四渡赤水、巧渡金沙江、强渡大渡河和飞夺泸定桥等。后来沙窝会议，领导人重新分工，主席代替重病的总理负责军事工作，方成为红军中名副其实的军事一把手。