佛通寺为临济宗禅寺，1397年（应永四年）由小早川春平迎请愚中周及禅师开山创建。因受小早川一族虔诚皈依，寺势日益昌隆。
鼎盛时期山内塔头多达88座，在西日本拥有约三千座末寺。应仁之乱后，寺院逐渐荒废；至小早川隆景治世时虽稍有复兴，但随着时代更迭，寺院逐渐失去了昔日的盛景。含晖院开山堂及地藏堂，为保留佛通寺创建之初风貌的建筑。
1905年，在初代管长宽量思休禅师主持下，佛通寺作为临济宗佛通寺派从天龙寺独立并恢复旧观，成为西日本唯一设有参禅道场的大本山，传承至今。
愚中周及生于美浓（岐阜县），13岁时师从梦窗疏石，后又师从春屋妙葩修行。19岁时渡海前往中国，最初参访月江正印，后师从金山寺（中国浙江省金山寺）住持即休契了（佛通禅师），精进修行约十年，并嗣承其法脉。
愚中周及归国后，因法脉问题见疑于五山丛林，从此离开京都，转而在丹波天宁寺培养众多弟子，又应春平之请于创建佛通寺，应永十六年（1409年）于天宁寺示寂，享年87岁，谥号“佛德大通禅师”。
