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机器学习+药物筛选,打开顶刊思路! 1.选题:基于GNN图神经网络筛选靶向SCD

机器学习+药物筛选,打开顶刊思路!
1.选题:基于GNN图神经网络筛选靶向SCD1/铁死亡通路,诱导骨肉瘤细胞铁死亡的小分子化合物
创新性:常规高通量筛选开销庞大;本模型以蛋白口袋特征训练筛选框架,定向挖掘调控脂质代谢‑铁死亡轴的候选药物,跳过大量无效化合物,聚焦细胞层面脂质过氧化物堆积机制,方向较为前沿 。
可行性:可调取ChEMBL铁死亡相关分子数据集训练模型;购置骨肉瘤细胞株,使用流式、脂质活性氧检测开展体外机制验证,试验体系成熟。

2.选题:迁移学习模型筛选靶向TGF‑β/ALK5通路,抑制肺成纤维细胞活化的天然黄酮类活性分子
创新性:普通筛选很难适配天然产物复杂结构;迁移学习迁移已知抑制剂特征,专门针对成纤维细胞表型转换做预测,解析药物对Smad下游信号的调控,打通计算筛选‑细胞机制验证链条。
可行性:天然产物化合物库易得;人源肺成纤维细胞、Western‑blot、免疫荧光检测通路蛋白,整套操作成熟可控。
3.选题:VAE‑GRU深度学习平台筛选调控mTOR‑细胞自噬通路、可穿透血脑屏障,缓解神经元Aβ堆积的候选药物
创新性:多数候选药剂难以穿过血脑屏障;模型优先把屏障穿透能力当作筛选标签,定向筛选调控神经元自噬通路分子,规避传统筛药忽略药代属性的短板,适配一区机制类研究方向。
可行性:公开脑屏障药物数据集充足;原代神经元培养、自噬荧光标记、Aβ蛋白定量均可常规完成。
4.选题:集成学习模型筛选靶向CD133,调控Wnt/β‑catenin通路诱导肿瘤干细胞凋亡的皂苷类小分子
创新性:肿瘤干细胞耐药一直是难点;算法优先筛选能够结合干细胞表面CD133靶点的物质,对比不同皂苷分子下游通路差异,从细胞干性层面解析耐药抑制机制 。
可行性:可获取肿瘤干细胞细胞系;梯度提升树模型代码开源,球囊形成实验、通路蛋白检测手段完备。
5.选题:基于逻辑特征机器学习筛选靶向HT2RA受体,阻断心肌成纤维细胞PI3K通路、抑制心肌细胞肥大的已上市药物
创新性:老药重定位能够缩短新药研发周期;模型挖掘药物非经典靶点,避开药物原本已知作用通路,解析心肌细胞肥大全新调控轴,具备较高原创性 。
可行性:FDA上市药物数据库公开;大鼠原代心肌细胞培养、肥大相关蛋白与细胞面积检测为实验室常规技术。
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