1990年7月21日，台湾方面在宜兰将63名大陆人员强行关入“闽平渔5540”号的四个鱼舱，蒙上双眼，并用六寸长的铁钉将船舱钉死，压上重物后让渔船自行漂流。因高温缺氧，二、三舱室最终导致25人窒息死亡，仅林里城一人因船舱隔板有小孔而幸存。

惨案发生后，时任福州市委书记的他高度重视，指派工作组调查善后，并随后参与了与台湾方面关于遣返事宜的“金门谈判”。

紧接着又发生了另一起“闽平渔5202号”惨案，更惨，共造成46人死亡。

在事件引发的巨大压力下，台当局被迫与大陆方面进行协商。1990年9月，两岸红十字组织在金门签署协议，确立了“人道精神与安全便利”的遣返原则。从制度上杜绝了此前将人钉死在船舱这种极不人道的做法。
台湾当局没有对具体下令或执行人员追究刑事或行政责任。