石河子的地区建制只存在短短的三年。1978年，石河子地区撤销，石河子市保留，改为新疆维吾尔自治区直辖县级市。1981年，新疆兵团恢复建制，石河子管理体制调整后，不再管辖沙湾、玛纳斯两县，这两个县分别划归塔城地区、昌吉回族自治州。