面对全球抗生素耐药性（AMR）危机，噬菌体治疗已成为极具潜力的替代策略，但 “合适” 噬菌体的筛选标准始终存在争议。当前监管机构普遍采用的 “排除毒力因子 / 抗性基因、无转导能力、严格裂解性” 三大标准，虽以安全性为核心，却在实际应用中显现过度保守的局限。本文结合 2025 年《npj Antimicrobials and Resistance》的最新研究，深入剖析三大标准的科学依据与现实困境，为优化噬菌体治疗筛选框架提供科学参考。
一、核心筛选标准的合理性与局限性解析1. 标准一：排除携带毒力因子或抗生素抗性基因的噬菌体该标准的核心逻辑明确，其科学依据扎实 —— 噬菌体携带的毒力因子可直接增强细菌致病性。典型案例包括 CTX 噬菌体编码霍乱毒素、Stx 噬菌体编码志贺样毒素，分别引发霍乱和溶血性尿毒症综合征；沙门氏菌的 Gifsy-3 噬菌体编码的 SspH1 蛋白，还能增强细菌在感染模型中的持续性，凸显噬菌体基因组与宿主致病性的紧密关联。
检测工具方面，毒力因子筛查依赖 VFDB 等数据库的序列相似性比对，但毒力因子的多样性导致筛查难以全面覆盖未知因子；抗生素抗性基因检测虽有 Resfinder、CARD 等成熟工具，却存在临床关联性弱的问题。环境噬菌体中虽常检测到抗性基因，但人类或动物粪便来源的噬菌体中抗性基因罕见，ESKAPE 病原体中噬菌体相关抗性基因的检出率仅 1.8%-20.9%，且多数预测携带的抗性基因与细菌耐药性无直接关联，易导致 “误杀” 安全噬菌体。
合理性评估显示，排除毒力因子的标准必要且科学，是安全筛选的基石；但抗性基因筛查需摒弃 “一刀切”，应结合临床耐药表型，仅排除与实际治疗相关的功能性抗性基因。
2. 标准二：排除具备转导能力的噬菌体转导作为噬菌体介导的基因水平转移机制，理论上可能传播毒力基因或抗性基因，广义转导的非特异性包装、温和噬菌体的特异性转导及侧向转导，均被认为存在潜在风险。但现有检测工具的局限性导致实际风险被高估：传统转导实验通过标记基因检测转导子，强选择压力会显著放大自然条件下的转导频率；基于测序的检测方法易受细菌污染、读长分配错误影响，准确性不足。
临床实际中，抗生素抗性基因的水平转移主要源于接合或自然转化，转导的作用 “特征不清”。噬菌体的窄宿主范围和同源重组需求，进一步限制了跨物种基因转移的可能性，其主要风险仅为同一菌株内的等位基因重组，而非引入全新有害基因。此外，噬菌体生产过程中避免使用携带不良性状的宿主菌，可进一步降低转导风险。因此，转导能力的筛查应采用低风险阈值，无需排除所有具备转导潜力的噬菌体，仅针对性排除广义转导活跃的菌株。
3. 标准三：仅选择严格裂解性噬菌体温和噬菌体因可通过溶原循环整合至宿主基因组，引发溶原性转换或转导风险，被普遍排除。但生物信息学工具（如 PhageAI、PHASTEST）通过整合酶、转座酶等基因预测溶原性的方法存在局限 —— 具备这些基因不等于实际具有溶原能力，部分温和噬菌体在不同菌株或条件下溶原频率差异显著，高诱导频率的温和噬菌体在治疗中与烈性噬菌体无实质差异。
严格排除温和噬菌体的标准已成为制约治疗发展的瓶颈。75.61% 的细菌基因组含功能性前噬菌体，临床分离株中温和噬菌体普遍存在，如艰难梭菌、分枝杆菌感染治疗因缺乏烈性噬菌体，不得不依赖温和噬菌体；全球近万株分枝杆菌噬菌体中仅 1 株适合直接治疗，其余需通过基因编辑改造。创新解决方案已逐步落地：“温和噬菌体 - 抗生素协同作用（tPAS）” 通过亚治疗剂量抗生素诱导溶原菌裂解或抑制溶原化，在秀丽隐杆线虫感染模型中实现细菌根除；CRISPR-Cas9 等基因编辑技术可敲除温和噬菌体的整合酶或阻遏蛋白，消除溶原风险，使其转化为安全有效的治疗工具。
二、三大标准的核心争议与平衡逻辑三大标准的核心矛盾在于：传统标准以 “绝对安全” 为目标，却牺牲了噬菌体治疗的可及性。
对于毒力因子排除标准，争议点在于筛查仅能覆盖已知因子，但因风险明确，平衡方向应是维持严格排除，同时持续拓展毒力因子数据库的覆盖范围；对于抗性基因排除标准，争议点在于检测高效但临床关联性弱，平衡方向是仅排除与临床耐药表型直接相关的基因，避免因无功能抗性基因而放弃有效噬菌体；对于转导能力排除标准，争议点在于理论风险存在但实际风险被高估，平衡方向是采用低风险阈值筛选，不排除弱转导能力的噬菌体；对于严格裂解性要求，争议点在于过度限制治疗资源，而温和噬菌体具备优化潜力，平衡方向是允许经改造或协同策略处理后的温和噬菌体应用。
在个性化治疗场景中，针对特定耐药菌的有效噬菌体可能因符合 “不合适” 标准而被放弃，而温和噬菌体经改造或协同治疗后，临床收益可能远超潜在风险，这要求筛选标准必须在安全与可及性间找到动态平衡。
三、筛选标准的优化建议与未来方向1. 分层筛查策略：精准区分风险等级采用分层筛查模式，对不同风险因素实施差异化标准：高风险的毒力因子维持严格排除，同时结合功能验证（如毒素表达实验），避免仅依赖序列预测；中风险的转导能力采用低风险阈值，通过体外实验验证转导频率，而非单纯依赖生物信息学预测；低风险的抗性基因仅排除与临床耐药表型直接相关的基因，结合细菌基因组背景综合评估。
2. 温和噬菌体的合理利用：从 “排除” 到 “优化”改变对温和噬菌体的态度，从 “一律排除” 转为 “可优化利用”：开发基于表型的溶原性检测方法（如噬菌斑形态分析、诱导率测定），替代单纯的基因预测；利用基因编辑技术改造温和噬菌体，敲除溶原相关基因，转化为 “人工烈性噬菌体”；针对缺乏烈性噬菌体的病原体，推广 tPAS 协同策略，实现温和噬菌体的安全应用。
3. 标准化检测与临床数据积累建立转导能力、溶原性检测的统一实验方案，明确 “溶原化能力” 与 “实际溶原频率” 的区分标准，减少不同实验室间的结果偏差；推动多中心、前瞻性临床试验，重点积累温和噬菌体及改造噬菌体的安全性数据，尤其是长期应用中的基因转移风险，为标准迭代提供实证支持。
总结