很多南京市民心中都有一个结，一号线早期比较偏远的软件大道、双龙大道修建了隧道之后，反而变成了现在的迈皋桥到红山、中华门到安德门这样的高架路段。安德门高架段的平均时速只有20公里左右，在此行驶的普通电动车都可以轻易超越它，在这里常年噪音扰民，冬天大雾天气还要减速慢行，整个路段经常出现延误的情况。

首先受到冲击的是当年南京捉襟见肘的城市建设资金问题，高架区间的造价只有地下隧道的一半到三分之一左右。2000年开始修建的第一条地铁线路一号线一期工程全长21.72公里，投资总额为85亿人民币，在当时的情况下平均每公里的投资成本仅为3.92亿人民币，创造了同期国内地铁建设中最低的成本记录。当年全市的各种基础设施建设项目需要分散到各个地方去解决，长江二桥项目的总投资额达到了33.5亿人民币，并且其中有将近20亿是通过银行贷款获得的资金，在每个月都要偿还本金和利息的情况下，每年大约要花费1400万人民币来支付这些费用。为了缓解资金压力，只好拍卖了30年的经营权来收回一部分资金，并且从2001年起开始收取车辆通行费直到2031年结束，小汽车每次过路费为20元人民币。

市里没有多余的资金来修建整条线路的隧道，在国家层面的会议上，全线地下方案因为预算超支而被否决了，最后决定只修建7.02公里的地面高架，并且节省了大量的土建费用，其中北段从红山到迈皋桥的高架有1.51公里长，南段从中华门到安德门的高架有3公里长。

人们用现在的主城区来评价过去的规划，但是忽略了20年前这两个地方并不在明城墙500万平方米的核心老城区保护区内。南京有一条固定的建设原则，在明城墙之内以及城墙100米范围内不允许修建地铁或者城市道路高架，早期城里的虎踞路高架后来也都被改成隧道来保护古城风貌。

2000年时的迈皋桥和红山都是老城区工业区，在这里有很多化工厂和加工厂的房子以及一些小房子，中间有大片的土地上长满了庄稼；从中华门往南一直到安德门，这一路上到处都是蔬菜地，很少能看到完整的居民区，这两处都位于城墙之外，并且符合南京“明城墙里面全部地下化，外面的城市郊区先建高架”的底层规划原则。

不少市民认为迈皋桥广场空地多，当初完全可以全线建隧道，在北延施工时再对高架进行改造，这样的想法虽然合情合理，但是忽略了2000年前国内地铁建设存在的问题。当时盾构隧道技术还不成熟，老城区地下管线密布且杂乱无序，如果深挖隧道很容易引起地面下沉和周围建筑物裂缝，一号线新街口施工段就曾在暴雨中导致土壤松动而发生险情。高架只需打桩即可完成，并不需要大规模拆迁和深层挖掘工作，可以节省三分之一左右的时间。

首先要区分的是一个重要的误区，在2000年的1号线高架上由于资金短缺而做出的被动让步，并不是现在的南京市域城际铁路高架建设所采取的一种主动规划方式，二者之间没有关系。

目前宁马S2、宁扬S5等跨市线路修建了大量的高架桥，这些线路的平均站间距离都在3.7公里以上，并且设计速度为160公里/小时，在郊区拆迁的压力较小的情况下，高架更能体现出它的快速通勤的优势。南京市目前有12条地铁线路，其中高架车站共有58个，占到了将近27%的比例，在每年冬天的大雾和暴雨天气里，所有的高架路段都会被限制行驶速度至最低限度，而南北方两条主要的高架路段更是成为了事故频发的地方。

外地游客还有一处明显的抱怨之处就是中华门地铁站离中华门遗址有十多分钟路程，在应天大街下车之后很难找到景区入口。这是由于当初高架路线受到限制而留下的问题，线路只能沿城墙外侧空地铺设，不能直接穿过明城墙下方，因此车站位置被向外推移了，站名与实际不符。

有的市民建议在地铁一号线北延线施工期间把红山和迈皋桥高架拆除之后再开凿隧道来解决噪声问题，但是该方案实施起来非常困难。

不能一概而论地说地下地铁就一定好于高架地铁，在轨道交通规划的时候要考虑当时的经济社会发展状况以及城市的实际情况。上世纪末期南京首次建设地铁的主要目的是打通城市南北的大动脉，并且以较低的成本建立了基本的轨道交通网络，高架方案很好地实现了这一目的。后来随着城市的发展向外扩展，原来的郊区高架逐渐被纳入到市区内来，当年规划中的不足之处才得以显现出来。

根据一号线的经验教训，在南京的新建方案中，明城墙以内的地区以及人口稠密的老城区都采用全地下方式修建5、6、9、11号线；而六合、溧水等郊区或者跨越城市的城际线则部分采用高架形式，来兼顾城市的美观、居民的生活质量以及工程造价等问题。

到目前为止，一号线的两段高架仍然受到市民的质疑，但是放到26年前的城市建设条件下来看的话，巨大的资金缺口、落后的地下施工技术以及清晰的老城区保护规划这三方面的硬性约束条件一起促使着高架方案得以实施，在那个时代背景下做出的选择就是一种理性的决定。