原本是在知乎上的一个简单回答，再扩展的详细说下。
就拿南京大屠杀来举例。根据东京审判的定义，属于战争罪和反人类罪相结合的结果。其中日军军纪败坏的前提是在高层刻意的放纵下爆发出的人类兽性的一面。
1937年淞沪会战结束后，日本陆军参谋本部的原始战略规划非常保守：全军止步于苏州—嘉兴一线，就地休整，通过外交谈判逼迫国民政府妥协，绝不深入华东腹地。
日军高层当时的考量很现实：战线拉长、补给不足、国际舆论压力大，速战速决才是最优解。甚至特意任命松井石根担任上海方面的总指挥——此人本是搞情报的出身，因为曾担任蒋介石军事顾问，熟悉中国政界规则，所以派他去的核心任务希望他能和国民政府高层接上关系，接洽和谈。
彻底打乱计划的，是日军典型的“下克上”传统。
第10军司令官柳川平助率先违抗大本营命令，擅自率军越过苏嘉防线全速追击溃败的国军。前线各师团见状纷纷跟风，最后前线指挥官们直接商定成成一场谁先攻入南京，谁就立下首功的恶性竞赛。
最讽刺的是：日本参谋本部直到1937年12月1日，才匆忙补发攻占南京的正式作战命令，本质就是事后追认前线的越线行为。
这直接导致一个致命问题：整场南京攻城战，没有顶层完整作战方案，没有配套的军纪约束方案，更没有后勤补给方案。所有人都在抢功，没人负责善后。
而进攻的各部队为了能抢到攻占南京的首功，全部轻装急进，每个人只带了七天的基础口粮。后面的补给怎么解决？给的命令是“就地征发、战地自活”。翻译成白话就是军队不提供后续补给，所有粮草、物资、生活用品，全部就地从中国百姓身上抢，以战养战。
而对应的是当时国民政府对南京周边实施坚壁清野政策，撤走物资、清空野外补给。这就造成了死循环：日军轻装入城、粮草断绝，官方又默许抢劫求生，军纪从根源上彻底失效。
于是当南京城陷落时，松井石根命令各部队只能派一个联队进城，避免大规模扰民。但前线部队直接回传：城外早已无粮无房，根本无法驻扎，只能全军入城。
而这种将抢劫合法法的命令，直接引爆了士兵的暴力兽性，系统性掠夺席卷南京全城，而战争中无约束的掠夺，必然伴随大规模屠杀、强奸、纵火。实事求是的说，日军高层确实没有下达过类似满清入关时那种“城内官吏兵民，除工匠之外尽数诛杀”的正式指令。但他们用后勤安排默许纵容，制造了一场必然发生的大屠杀。
但这仍属于战争罪行，即在武装冲突（战争）期间，和战事直接相关的，违反战时战争规则（日内瓦公约、海牙公约），虐待战俘、伤员、占领区平民，非法攻击平民建筑、滥杀战俘、掠夺财产的行为。
但反人类罪指的是日军高层正式下达过屠杀战俘的指令，也是多重政策叠加的结果。
先是1929年《关于战俘待遇之日内瓦公约》日本代表团在日内瓦完成签署，但政府始终没有履行国内批准程序，原因是军部反对。理由是日本军队教育士兵军人被俘是耻辱，应当玉碎，不能投降。而一旦正式批准公约，等于法律承认 “投降被俘具备正当性”，会动摇日军士兵宁死不降的精神教育。
另外在太平洋战争爆发前，中日两国都没有宣战，日本一直称之为"支那事变"。原因是双方只要宣战，就会触发中立法案的军火禁运问题。所以日本人说根据日本签署的海牙公约，没有宣战就不是战争也就没有战俘。
1937年12月南京城破之际，华中方面军司令官松井石根因肺结核发作在苏州休病假，仅在17日象征性地参加了入城式。实际掌握前线指挥权的是上海派遣军司令朝香宫鸠彦中将。作为日本皇族，他拥有不受监管、无人敢质疑、事后有人背锅的特权。面对城破后蜂拥而至的俘虏，朝香宫鸠彦下达了“杀掉全部战俘”的绝密指令。其理由极其冷血：“我们没有足够的粮食养活他们，也没有足够的兵力看管他们，为了防止他们暴动，必须全部处决。”
所以战后日本历史学界普遍认为松井石根是替朝香宫鸠彦背了黑锅。南京大屠杀必须要有一个军方高层承担责任，而美国又不允许追究日本皇族的战争罪行。
而城破后第13师团山田支队最先成规模的接收了上万名战俘，但收了才发现日军自己吃的都不够，根本没粮食给这些战俘吃，随后这批人在草鞋峡一带被成建制处决。第16师团长中岛今朝吾的日记写得明白：根本没资源给战俘，此后的方针就是除高级军官外不留俘虏。
另外日本陆军从某些方面讲对自己人都不当人看，多年的军国主义教育和《军人敕谕》指导下，普通士兵犯了小错都会被打耳光，侮辱和惩罚是陆军日常，暴力永远是顺着等级向下放大传递的，那传到在日本兵看来最底层的中国人那里，就更不当人看待了。
所以屠杀战俘这块在东京审判是被判定为反人类罪。这个罪和战争罪的差别在于必须是国家主导、广泛或有组织、系统性针对平民发动的攻击屠杀，不能是零散个人犯罪。核心要点在于不是个别士兵失控犯罪，而是国家政策、自上而下计划实施的大规模迫害。
举个例子，卡廷惨案就是典型的反人类罪。
1940 年 4‑5 月，经苏共中央政治局正式批准，苏联内务部队 NKVD，在卡廷森林及多处监狱，处决大约22000名波兰战俘军官、警察、律师、知识分子、政府官员、贵族精英。1943年纳粹德军发现万人坑；苏联长期嫁祸纳粹德国；直至 1990‑1992 年，俄罗斯才解密档案、承认罪行并道歉。
因为屠杀发生在波苏两国已经停战之后，战俘已投降被俘。且由国家高层决策、自上而下有计划、系统性处决一个国家的精英平民群体，属于国家发起的大规模针对平民（被俘人员）的屠杀，而且波兰学者认为还构成种族灭绝罪行（削弱波兰民族未来发展）。
扩充这个内容，主要是看到评论里还有人说什么“日本人天生就是禽兽”这种话。实际上能把人变成魔鬼的，是高层从上到下的纵容，更是整个军国主义体制对生命的彻底漠视。底层的失控只是表象，高层的反人类罪才是这一切战争暴行的根源。只有发号施令的人把屠杀当成手段，下层才会沦为没有底线的杀人恶魔。