1994年，中国足球职业化元年，21岁的申思正式升入上海申花一线队。当时申花队的主教练是强调“抢逼围”战术的徐根宝。徐根宝的训练课以高强度、高对抗著称，要求所有球员，包括前场球员，都必须积极参与防守和围抢。申思的技术特点偏向于控球组织、寻找传球空当，在防守端的跑动和拼抢强度起初难以达到教练要求。

1994赛季甲A联赛第三轮，上海申花客场对阵广东宏远，申思在第60分钟替补出场，完成职业生涯首秀。

整个1994赛季，他在联赛中出场11次，其中仅3次首发，没有进球。1995赛季，申花队夺得甲A联赛冠军，但申思的出场时间依然有限，整个赛季联赛出场9次。他更多在足协杯等比赛中获得机会。

1995年足协杯四分之一决赛对阵八一队，申思首发出场并打入一记直接任意球，帮助球队晋级。赛后徐根宝评价他“脚法确实好，但比赛中的防守到位率还需要提高”。

当时队中核心是后卫范志毅，球队战术更多依赖长传冲吊和快速反击，申思这种需要球权、通过短传渗透组织进攻的球员，在战术体系中显得有些“不合拍”。

他与范志毅在训练中时常被分在不同组，范志毅所在的一组强调身体和冲击力，申思所在的一组则侧重传控配合。这种风格上的差异，在队内形成了微妙的对比。