1949年1月，解放军兵临江北，南京城里风声鹤唳。李宗仁刚坐进代总统的办公室，便接到报告：行政院长孙科不告而别，把整个行政院一股脑搬去了广州。这位刚刚取代蒋介石、试图力挽危局的桂系首领，放下那纸公文对身边的程思远说了一番话，话讲得极不客气：“孙哲生此举，全无国家观念，这是存心拆我的台。他这个人，终究只是个承乃父余荫的纨绔子弟，哪里有一点政治家的风骨与担待。”
这段对话后来被程思远详细记入《政海秘辛》，也与李宗仁晚年在纽约对唐德刚的口述互为印证。

李宗仁评孙科，用到最多的字眼便是“志大才疏”“毫无定见”与“纨绔成性”。这几个词绝非一时激愤脱口而出，而是他在与孙科几次关键交手中反复锤炼出的一个基本判断。
1948年春，副总统选举进入白热化，蒋介石明确属意孙科，劝李宗仁退出，李宗仁断然拒绝。
竞选期间，孙科方面首先发难，公开指斥李宗仁为“军阀”，甚至影射台儿庄大捷的战报不实。
李宗仁在回忆录里写下自己当时的反应：“孙科以‘太子’之尊，气势汹汹，开口便骂我为军阀。我久历戎行，原不把这些诽谤放在心上，但见他如此出言无状，实在有辱乃父之风。”
李宗仁不肯坐以待毙，其助选阵营旋即抓住孙科的致命伤——蓝妮事件。关于此事，李宗仁自己的说法也颇堪玩味，他在口述中说：“我本不想揭人隐私，怎奈孙科那边先以台儿庄谎报这种下流手段来污蔑我，那我就不能客气。他的私德国人皆知，蓝妮一事闹得满城风雨，那是他自己立身不正，怨不得旁人。”这不只是竞选攻防，更是李宗仁对孙科人格底色一次不留情面的宣判。

若说个人品行上的抨击还带有选举硝烟的味道，那李宗仁对孙科执政能力的否定，则是贯穿了长期的观察。
孙科早在1928年便出任铁道部长，李宗仁对他的行政表现有一句极刻薄的断语：“部务废弛，唯知任用私人。”
1931年底，宁粤对峙后蒋介石短暂下野，孙科在一片拥戴声中组阁出任行政院长，那届内阁寿命不足一个月便因财政崩溃而倒台。李宗仁对此事的剖析冷入骨髓：“孙科无才，难当大任。彼时他担任行政院长，财政部长黄汉樑一筹莫展，孙科只会拍桌发脾气，遇事推诿，全无担当。他的短命内阁，正是其无定见、无办法的必然结果。”
这番评价与后来1949年孙科再次出任行政院长时的表现形成了残酷的呼应。李宗仁就任代总统后，亟盼行政院配合推动和谈、稳定政局，孙科却毫不犹豫将院址南迁广州，致使南京总统府政令不出都门。
李宗仁在回忆录中用了极其严重的字眼：“孙科把行政院搬到广州，名义上说是为了避共军锋芒，实则是秉承蒋先生的意旨，处处与我为难。此种拆台行为，在中外政治史上都属罕见，他甘为鹰犬，毫无国家观念可言。当时连美国大使司徒雷登都对我说，孙院长此举悖乎常理，美国政府亦深感困惑。”

此外，孙科身上备受争议的地方，更是李宗仁批评集中所在。
孙科一生的政治立场飘忽摇摆，一度亲苏，一度反共，时而拥汪反蒋，时而又投蒋背汪，李宗仁对此看得很透，他给唐德刚的口述里几乎用了一个定谏式的总结：“孙哲生本是一个没有政治节操的人。他的政治行动常以个人利害为转移，今朝联甲倒乙，明朝联乙倒甲，反复无常，信用扫地。昔年随汪精卫反蒋，未几又投入蒋的怀抱反汪，朝秦暮楚，莫此为甚。”这绝不是私怨之下的抹黑，而是点中了孙科政治人格的要害。
孙科身居立法院长多年，主持制定的“五五宪草”虚悬半空，严重脱离中国现实，抗战全面爆发后便被束之高阁。李宗仁毫不客气地批评他“不问民间疾苦，闭门造车，条文繁琐，徒滋纷扰”，认为这不过是孙科好高骛远、不切实际性情的又一次暴露。
私生活糜烂，是孙科身上撕不掉的标签，李宗仁对此虽不全然热衷攻击，但评价起来也同样不留情面。
他曾在一次非公开场合对桂系幕僚谈起：“孙科在上海、南京都有豪华公馆，妻妾成群，日常挥霍无度。抗战时期重庆艰苦万分，他仍然生活优裕，不知民间疾苦为何物。”
在李宗仁眼中，这已经不仅是私德有亏的问题，而是揭示了孙科与政治责任感完全绝缘的本质。他甚至颇为感慨地将孙科与其父孙中山对比，说出过一段分量极重的话：“中山先生一世英明，为革命奔走终生，所遗恨事之一，恐怕便是其哲嗣如此不肖。孙科不过是借父荫而登高位，才具有限，气性却高傲，动辄谩骂，毫无政治家襟度。党中老同志私下聊起，无不同声一叹。”

理性地审视李宗仁与孙科的恩怨，不难发现李宗仁的抨击背后有一种强烈的现实立场：他出身戎马，靠治军与实战起家，最鄙薄的便是孙科这种靠着血统符号和留洋光环腾跃于政坛，实则百无一能的党官僚。
他深信孙科在1949年拆毁其和谈大局的举动，是国民党最终丢掉大陆的缩影之一——一个被宠坏了的豪门子弟，在关键时刻选择了私利与派系，抛弃了最起码的责任伦理。
李宗仁在与唐德刚的最后一次谈话中，用了一句近乎冷酷的话为孙科的政坛生涯盖棺：“他本应该安享尊荣，偏要插手国家大计，结果既误了国，也彻底毁掉了中山先生遗留给他的最后一点政治敬重。”