2009年初，资本收购深圳足球俱乐部，投资方看中范育红对球队、本土青训的双重了解，邀请他一人兼任俱乐部总经理、一线队主教练，成为当年中超最年轻的双岗管理者。

赛季首轮客场挑战中超卫冕冠军山东鲁能，外界普遍看好鲁能轻松取胜。范育红针对性布置收缩防守反击战术，全队全场高强度拼抢，最终在济南客场逼平对手。赛后他在采访中直言，队员拼尽了全部力气，这个平局是全队共同坚持换来的。

那段时间他还邀请昔日恩师塔瓦雷斯重回深圳，担任球队执行教练兼技术总监，师徒二人携手搭建教练组，重用自家青训培养出来的年轻队员。

可惜赛季中期南粤德比客场1比6惨败广药，这场大比分失利成为转折点。2009年8月，俱乐部官宣范育红下课，同时卸任总经理，一同离开的还有路建人等多名老教练。离开一线队后，他没有留恋中超帅位，直接回到南山少年俱乐部，重新回归青少年足球培训。