1942年7月，盛世才通过新疆驻莫斯科代表向斯大林和莫洛托夫递交密信，提出将新疆划为苏联的一个加盟共和国（即“东突厥斯坦苏维埃社会主义共和国”），并请求苏联派兵进驻。
斯大林断然拒绝了这一请求。苏联当时正全力应对纳粹德国的进攻，无力在新疆开辟第二战线，且不想因此与国民政府彻底决裂。苏联甚至将这封信转交给了蒋介石，以此向国民政府示好，证明盛世才的“不可靠”。
国民政府采取了“政治为主，军事为辅”的策略，逐步派遣官员、设立机构，并缓慢增加驻军。
1944年，盛世才见大势已去，主动请求调离新疆，被任命为农林部长。国民政府随后正式全面接管新疆军政大权。
1944年底，在盛世才离任后的权力真空期， 爆发了“三区革命”，成立了短暂的所谓“东突厥斯坦共和国”。
