643年，侯君集意图谋反证据确凿，被处以死刑。临刑前他奏请李世民：“恳请陛下赦免我的家人。”李世民哽咽道：“朕本无心杀你，奈何群臣进谏你罪天地不容，你的请求朕应下了。”
在此之前，李世民曾经力保过侯君集，李世民毕竟是跟随自己的老臣，李世民无法看着侯君集死在自己眼前。
但是这个时代里，皇帝尊重法律和大臣，宰相也有非常大的权力，皇帝的命令，不经过中书省附署，是不能生效的。
所以皇帝的决定要经过各个大臣的同意才能生效，这种集体决策权，相互制衡，皇帝的命令不大于国家法律的时代，被看作是中国古代历史上最完美的时代，李世民也因此被后世称为千古一帝。
因此在这个制度之下，李世民无法凭借自己的命令将侯君集救下，因为他谋反的证据确凿，朝中大臣已经容不下他了。
按理来说，谋反这种罪名一般是要株连的，但是看在与侯君集最后一丝情分上，李世民还是将他的家人流放了。
可见李世民是历史上少有的有人情味的皇帝，就冲着他不杀功臣不迫害臣子这一点，就很值得人敬佩。
因为一般的皇帝，不管是叛乱上位的，还是自己开国立业的，登上皇位之后，都会杀几个功臣来祭天。
但是死在李世民手下的功臣只有两个，一个是，一个是洛州都督、郧国公张亮，另外一个就是吏部尚书、潞国公侯君集。
这两个人的死确实是因为自己犯了事了，跟李世民没有一点关系，在登上皇位之后，李世民对这些功臣可谓是好的不得了，根本就没有想要谋害他们的心思。
侯君集一生谋逆过两次，第一次谋逆让他“赢得生前身后名”，第二次谋逆使他“可怜白发生”。
侯君集的第一次谋逆是跟随李世民发动的玄武门之变，玄武门政变中，侯君集和尉迟敬德居功至伟。
事后李世民对其进行了封赏，侯君集被授封为左卫将军，潞国公，赐邑千户，迁右卫大将军。之后不久又升任兵部尚书，但是因为读书少，他对兵法韬略知道的不多，所以李世民亲自让李靖上门教他兵法。
可见李世民真的是想让这些，曾经跟随自己的老人能有好日子过，一个帝王能够为臣子的学识费心，在历朝历代都是少见的。
李世民对于这些跟随自己建功立业的老臣们格外的宽容，可能在李世民心中，这些老臣除了是自己的臣子，还是与自己有过生死之交的战友。
侯君集的第二次反叛起因是因为当年的高昌王鞠文泰反叛，贞观十三年，李世民令侯君集为交河道行军大总管，率大军征讨。
那是一场极其艰辛的远征，高昌国远离大唐七千里，途经二千里寸草不生的大漠，自古能越过这片死亡沙漠的百之一二。
可唐军不光跨过了“冬风裂肌，夏风如焚”的绝地，还以泰山压顶之势灭了高昌国，这种大规模军团远征西域的壮举，可以说前无古人。
胜利后的侯君集得意洋洋，下令勒石记功，凯旋班师，可当他回朝之后，面对的不是奖赏，而是铺天盖地的弹劾与指责。
原来，高昌灭国后，侯君集看着鞠文泰王宫里的财宝，和充满异域风情的美女，心里不由开始发痒，他私自抢了一批高昌国平民，又私吞了一大笔财宝。
上行下效，将士们一看老大这么做也都撸胳膊上阵，能抢就抢，能偷就偷，侯君集看到这种情形也不敢制止，最后演变成了全军对高昌国的大肆劫掠。
侯君集的做法让李世民生气，但是看在往日的情面上，李世民愿意饶恕侯君集，可是脑子不好的侯君集却以为这是李世民的针对。
于是侯君集不甘心在李世民手下讨生活了，他可能是想着让自己的荣耀再多一些，他本就是跟随李世民反叛获得的荣耀。
如今感觉李世民在针对自己，于是侯君集打算再来一次谋逆，以获取更高的权力地位，但是他应该不知道，狡兔死走狗烹这句话，不然不可能放弃这样一位宽容的上司。
侯君集思来想去就想到了李承乾，两人凑一起开始商讨反叛的事情，可是还没等两人有动作就被人举报了。
侯君集反叛未遂，被逮了个正着，李世民可能是不相信，还要亲自审问他，结果侯君集的承认让李世民也没有护住他的心思了，李世民失望之下，按律处死了侯君集。
