沙巴对于马来西亚来说一直是个难以割舍的心结，在长达数十年的时间里不断向菲方支付赔偿金，但是菲方仍然坚持要收回该地区的主权要求，并且这一争端已经延续了上百年的时间，它是由于历史遗留问题、殖民时期的条约条款存在缺陷以及族群利益与石油资源的竞争所造成的长久以来的矛盾。
最早引起争端的原因是在1670年代左右发生的文莱内战中，苏禄苏丹帮助文莱平定叛乱之后所进行的一系列感谢活动之一就是把沙巴北部大片土地赐给苏禄苏丹国，在此之后该地区就一直由苏禄控制着，这也是菲律宾现在要求收回沙巴的主要历史依据。
造成百年恩怨的是1878年英国商人在签订的土地契约中所用的不同语言文字，“padjak”在爪哇语里表示租赁，在英语里则被译作“grant”，即永久转让土地使用权的意思。这两个概念自签约之日起就存在不可调和的法律上的矛盾。最初的合约规定每年要向苏禄苏丹缴纳5000西班牙银元，后来又于1903年增加到5300单位，并且一直延续到马来西亚独立之后才改为每年支付5300林吉特作为赔偿费。
在殖民时期结束之后该地区就发生了很大的变化，在1963年的科博尔德委员会举行的全民公投中，有超过70%的人赞成加入马来联邦。马来西亚沿用英国的老规矩每年都按时给苏禄苏丹后代发放赔偿费，马方认为这笔钱就是土地转让的价格，足够说明沙巴属于自己的国家了。
菲律宾以及苏禄后人并不认可这一说法，并且认为马来西亚每年所缴纳的费用证明了当时只是一次土地租赁，并没有改变沙巴主权归属的问题。在1962年的时候，就已经有苏禄苏丹家族正式授权给菲律宾政府来代表自己去争取沙巴的主权；在1968年的时候，菲律宾又颁布了5446号法令，把对于沙巴拥有主权的要求写进了本国法律中，至此两国之间的领土争端才真正浮出水面。
单纯的外交谈判没有取得任何成果，在此之后苏禄后人不断用激进行动来施加压力，其中最为严重的一次是在2013年的拿笃武装冲突中。菲律宾塔瓦塔维苏禄省与马来西亚拿笃镇之间的最近海上距离只有大约40公里左右，一艘小船可以在一晚之间航行至此。当年2月的时候，有约180名来自苏禄武装的人乘坐着船只抵达了拿笃镇，并声称要取回祖先的土地，随后双方就展开了长达1个月以上的对峙。
根据马方公布的数据可以得知：10名军人和警察以及6名平民死亡，苏禄武装有56人阵亡，149人当场被捕，在整个行动中马来亚共投入了6500多人参与扫荡工作。事件发生之后，马来亚立刻停止了100年来的赔款行为，并且在事后不久就向西班牙提起诉讼，要求索赔149.2亿美元。
马来西亚一直向多个国家的法院提出异议，2023年，荷兰上诉法院拒绝了该份巨额赔偿判决，并且西班牙法院同时取消了仲裁员的工作许可；到了2024年，荷兰和法国的最高法院都对苏禄后裔提出的上诉作出了最终否定的结果，这份仲裁裁决也就此失去了跨国执行的能力。事件发生之后，马来西亚成立了东沙巴安全指挥部ESSCOM，并且每年都派遣大量的边防部队驻扎在海边，每年用于边境稳定维护的资金就达到了2.3亿多万林吉特。
菲律宾不放人，并不是靠历史来论证自己的说法，而是有实实在在的利益考虑在其中。沙巴附近海域蕴藏丰富的油气资源，当地的石油储量占到了马来西亚全国总量的1/3左右；而菲律宾国内90%以上的原油都要依靠进口，能源短缺问题一直无法解决，在拿下沙巴之后可以立刻改善本国的能源状况。另外，沙巴地区还居住着80万名菲律宾苏禄族人，同属一个宗教团体的关系也为菲律宾参与这场争端提供了一个种族的理由。
从经济与治理的角度来看，两国之间存在着很大的差异。菲律宾的人均GDP只有3600美元左右，在全国有7000多个岛屿的情况下，正规军队警察人数才120万人，并且治理非常松散，在南部还有长期存在的武装分离主义组织；而马来西亚的人均GDP已经达到了11400美元以上，沙巴地区的人均GDP更是高达5200美元。菲律宾政府一直都在大肆宣传关于沙巴主权问题上的争论，其实这是为了转移国内民生、经济发展以及各种管理上的矛盾，在对外领土争端上制造出一种凝聚力强的民族情绪。2024年的时候，菲律宾又擅自向联合国递交了海域划分文件，硬生生地把沙巴周围的海域纳入自己的主张范围内，并且不断加大两国之间的分歧。
历史上，苏禄东王于1417年访问中国，返回途中在山东省德州市去世，他的妻子以及两个儿子留在了中国为他守墓，后代已经传到了21代，在中国的总人数有3700多人。但是古代友好的交往只是一种历史上的感情，并没有涉及到东南亚国家之间的领土纠纷问题，我国所出版的地图一直保持中立的态度，并不会偏向菲律宾或者马来西亚其中任何一个国家，也不会去支持任何一种复国的要求。
撇开双方各自的主观说法不谈，按照苏禄后人所说的“租地”来算的话，沙巴主权也只是归于已经灭亡的苏禄苏丹国，并不存在完整的、合法的继承链条。菲律宾方面有本地全民公投以及几十年的实际控制两大事实依据，但是长达百年的持续支付赔偿金的做法在法律上存在漏洞，这也是它长期处于被动地位的主要原因。
领土争端到现在为止已经有60多年的历史了，在此期间双方进行了几十轮双边谈判，但是没有取得任何实质性的成果。菲律宾一方面要争取沙巴的土地主权，另一方面又在南中国海制造岛屿争议问题，并因此而得罪了周边国家，使整个东南亚地区的局势变得动荡不安。由于涉及历史遗留问题、殖民条约、族群关系以及能源资源等多方面的复杂因素，所以沙巴争端短期内很难得到解决，而沙巴也将继续成为马来西亚无法摆脱的地缘困境。
